Das bis heute wenig erforschte Gebiet der Stauraumstrukturierung dient der ökologischen Verbesserung der Ökologie in durch Stauhaltung geprägten Fließgewässerabschnitten. Die Maßnahmen können sowohl im Gewässer selbst als auch in den Ufer- und Auebereichen durchgeführt werden, beispielsweise durch den Einbau von Totholz, Kiesinseln und Ufervorschüttungen sowie Buhnen, Uferaufweitungen, die Anlage von Nebengerinnen und Stillgewässern.

Im LIFE-Projekt "Living Lahn" wurden für alle staugeregelten Abschnitte der Bundeswasserstraße Lahn Steckbriefe erstellt und Tools zur ökologischen Aufwertung dieser Bereiche entwickelt, unter Berücksichtigung unterschiedlicher künftiger Nutzungsvarianten.